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“三證合一”登記制度是指以前企業分別由工商行政管理部門核發工商營業執照、質量技術監督部門核發組織機構代碼證、稅務部門核發稅務登記證，改為一次申請、由工商行政管理部門核發一個加載法人和其他組織統一社會信用代碼營業執照的登記制度。

現在沒有食品流通許可證這一說了，其他食品生產許可證，食品經營許可證這兩個證件，仍然需要辦理的。

自2024年09月05日新《食品安全法》以及與其配套的《食品經營許可管理辦法》實施以來，原來分屬不同部門的《餐飲服務許可證》和《食品流通許可證》開啟“兩證合一”的管理模式。今年1月13日，國務院常務會議決定，整合飯館、咖啡館、酒吧、茶座4類餐飲服務公共場所的衛生許可證和食品經營許可證,由食品藥品監管部門一家許可、統一監管,並承擔相應行政責任。餐飲服務公共場所的衛生許可證和食品經營許可證的“兩證合一”進入快速整合階段。按照國家食品藥品監督管理總局的工作部署，2016年一季度要在全國範圍內完成《食品經營許可證》的換證工作。

.縣級以上地方食品藥品監督管理部門負責本行政區域內的食品經營許可管理工作。